ラボ日記

研究セクターのメンバーが、日常で思ったことや実験の現場の様子を紹介します。月二回、メンバーが交替で更新しています。

2019年3月25日

データの共有と活用をめざして

小田広樹

BRHの研究データを検索•利用できるデータベースを構築•公開し、2年近くが経ちます。クモのゲノムやトランスクリプトの配列を検索できるだけでなく、ゲノムブラウザーで発生段階の遺伝子発現プロファイルを調べたり、NCBIの情報にとんだりと、機能性•利便性を高めています。全世界に公開していますが、私たち自身が最も使っていると思います。ゲノムを中心に様々な種類のデータが整理されて行く可能性を感じています。

最近では、研究で取得した画像や動画もデータベースに整理するようにしました。例えば、time-lapsecell_labelingのキーワードで検索することができます。多くのデータは私たちがオープンアクセス論文で公表しているデータですので、ライセンスに従って利用可能です。(データベースへアクセスする端末の環境によっては不具合が生じる可能性もあるかもしれません。ご注意下さい。)

発表した論文ごとにデータがネット上に散在してしまうため、なかなか私たちの研究室が生み出したデータの全貌を理解していただくことが難しくなっていると感じています。研究室内のデータ共有ですら、過去から未来へ、容易ではなくなっています。また、論文として提出したデータはファイルサイズの制約などで質を落としたファイルを出しているケースも多々あります。検索可能なデータベースとして整理し、世界に公開することによって、私たちの論文へのアクセスを促し、研究分野全体のさらなる発展に貢献できればと思います。

現在のところ、研究者の利用を優先して開発を進めているために一般の方が利用するには少し難しさがあるかもしれませんが、少しずつ日本語のホームページサイドから利用できる仕組みを作って行きたいと考えています。

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