昆虫食性進化研究室

2020/05/05 公開

マトリクスを作成する

リード数をカウントした後に、その結果を元にカウントのマトリクスを作成する。
 

salmon のフォルダー内でマトリクスを作成

フォルダーを作成

:> mkdir ./count_matrix

フォルダーに移動

:> cd ./count_matrix

カウント結果ファイルのリストを作る

:> ls ../*/quant.sf > ./list_sf.txt

スクリプトファイルを作る

:> touch ./abundance_matrix.sh

スクリプトファイルを開いて編集

perl $TRINITY_HOME/util/abundance_estimates_to_matrix.pl --est_method salmon --gene_trans_map ../../../Trinity.fasta.gene_trans_map --name_sample_by_basedir --quant_files ./list_sf.txt

スクリプトを実行

:> /bin/sh ./abundance_matrix.sh

 

RSEM_bowtie2 のフォルダー内でマトリクスを作成

フォルダーを作成

:> mkdir ./count_matrix

フォルダーに移動

:> cd ./count_matrix

カウント結果ファイルのリストを作る

:> ls ../*/RSEM.isoforms.results > ./list_results.txt

スクリプトファイルを作る

:> touch ./abundance_matrix.sh

スクリプトファイルを開いて編集

perl $TRINITY_HOME/util/abundance_estimates_to_matrix.pl --est_method RSEM --gene_trans_map ../../../Trinity.fasta.gene_trans_map --name_sample_by_basedir --quant_files ./list_results.txt スクリプトを実行

:> /bin/sh ./abundance_matrix.sh

kallisto と xPress も利用可能。個人的には salmon か RSEM のどちらかだけで十分ではないかと思うので、これらを使うかどうかは好みの問題。
 

目次

1. 環境構築
2. リードのクオリティチェックとアセンブル
3. Transdecoder による遺伝子予測とアノテーション
4. リード数のカウント
5. カウントマトリクスの作成
6. リードカウントのQC解析
7. DE解析
8. DEG取り出し
9. おまけ1: Transdecoderの自動化
10. おまけ2: 発現量解析の自動化
11. おまけ3: Anacondaコマンドの使い方一覧

Q&A

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