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チョウが食草を
見分けるしくみを探る

昆虫食性進化研究室

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  • MacでRNA-seqデータ解析
  • 1. 解析環境の構築
  • 2. シークエンスデータのQC・トリミング・アセンブル
  • 3. Transdecoder による遺伝子予測とアノテーション
  • 4. リード数カウント
  • 5. リードカウントのマトリクスを作成する
  • 6. リードカウントのクオリティチェック
  • 7. DE(発現量比較)解析
  • 8. 発現量が上昇している遺伝子(DEG)のデータを取り出す
  • おまけ1 Transdecoderをできるだけ自動化する
  • おまけ2 発現量解析をシェルスクリプトでできるだけ自動化する
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更新情報

  • 20.05.06 RNA-seqのアセンブルと発現量比較のプロトコール公開
  • 19.09.25 吉川顧問と海野和男氏の共著、「アゲハチョウの世界ーその進化と多様性」発売

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