「6 テストアセンブルを実行1 簡易版」について

みんなの広場

研究

2020.08.12

「6 テストアセンブルを実行1 簡易版」について

TN

初めまして。
RNA-seq解析についてHP見ながら勉強させていただいております。
お伺いしたいことがあります。
「6 テストアセンブルを実行1 簡易版」をおこなうと、Trinityのロゴが表示された後、以下のようなメッセージがでて途中で止まってしまいます。
このような場合はどのような問題が生じている可能性があるのでしょうか？
ご教示いただければ幸いです。

Argument "Library" isn't numeric in numeric ne (!=) at /Users/TN/AT-v2.11.0/Trinity line 3915.
Error, need samtools installed that is at least as new as version 1.3 at /Users/TN/AT-v2.11.0/Trinity line 3916.

(py38) TN@x86_64-apple-darwin13 test_Trinity_Assembly %

2020.08.12

1. 尾崎克久（昆虫食性進化研究室）

エラーメッセージにsamtoolsが必要であると書いてありますので、coda コマンドでインストールすることで解決できるのではないかと思います。下記のコマンドをお試しください。

conda install samtools
または
conda install -c bioconda samtools
（チャンネルの設定ができていれば、上のコマンドで大丈夫なはずですが、うまくいかない場合は下のコマンドにしてみてください）

インストールが完了したら、新しいターミナルを開いてテストアセンブルを実行してみてください。

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