モデル生物オオヒメグモを中心に細胞や形作りの仕組みを調べ、昆虫や脊椎動物と比べることによって、動物の多様性の原点を探ります。同時に、進化の過程で起こった細胞システムの変化を紐解きます。

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[最新情報] 生命誌30周年公開シンポジウムの記事及び動画公開 2023年10月1日開催(2023.12.01)

[報告&インタビュー] 研究者 Zoomセミナー開催(終了)(2023.01.20)「発生ゲノミクスで探る脊椎動物の進化過程」  安岡有理博士(理化学研究所)

オープンラボ企画映像 (2020.10.17公開)

動画配信中 
[生命誌クモラボ最新情報] 小田広樹 研究員 (2021.2.20公開)
細胞の多様な状態を一気に大量に解析する技術を取り入れました!

研究員レクチャー (2020.12.19開催)「数学や物理学の視点から見る生物の形作り?」藤原基洋

オープンラボ企画映像 (2020.10.17公開)
研究室の日常2 —オオヒメグモが産卵した時間はどうやって調べているの?

[論文発表] 動物のからだの周期パターンを制御する仕組みを発見

オープンラボ企画映像 (2020.6.20公開)「研究室の日常1 —小田ラボのメンバーと活動の様子

研究員レクチャー (2020.5.16公開)「映像が語る、未知なるクモの世界」小田広樹

ラボニュース

24.2.15 秋山さんがラボ日記を更新「エネルギー貯蔵 〜クモ幼生編〜
24.2.1 小田さんがラボ日記を更新「タンパク質研究にハマってます
24.1.16 藤原さんがラボ日記を更新「数理モデルを構築しながらクモの胚の形作りの精巧さに驚く日々
23.12.01 生命誌30周年公開シンポジウムの記事、動画が公開されました。こちらへ
23.11.01 秋山さんがラボ日記を更新「研究をしていて嬉しいと思う時
23.10.17 小田さんがラボ日記を更新「30周年公開シンポジウムを終えて
23.10.04 藤原さんがラボ日記を更新「生命誌研究館創立30周年おめでとうございます
23.10.01 秋山さんと小田さんが生命誌30周年公開シンポジウムで講演しました。
23.09.09 日本動物学会 (山形) の動物学ひろばに出展しました。
23.09.08 藤原さんが日本植物学会 (札幌) のシンポジウムで「節足動物の体軸形成の多様化の進化過程を探る理論研究」と題して講演しました。
23.09.07 小田さんが日本動物学会 (山形) で「オオヒメグモゲノムを基盤としたバイオインフォマティクスリソースの構築」と題して口頭発表しました。
23.07.19 秋山さんがラボ日記を更新「今、寄生虫がおもしろい!
23.07.04 小田さんがラボ日記を更新「ナノテクに悪戦苦闘
23.06.24 6月の生命誌の日に開催したワークショップ「生きものらしさをコンピュータで再現しよう!」の開催記録を掲載しました。こちら→
23.06.15 小田ラボ主催のワークショップ「生きものらしさをコンピュータで再現しよう!」の参加者募集を定員に達したため終了しました。当日ライブ配信いたします。詳しくはこちら→
23.06.15 藤原さんがラボ日記を更新「生物実験に使われる数理モデルのプログラム講習会
23.06.10 小田さんが東京でレクチャー開催。6月10日(土)「節足動物繁栄の原点をクモの研究から探る」こちら→
23.05.10 小田ラボ主催のワークショップ「生きものらしさをコンピュータで再現しよう!」の参加者募集を開始しました。先着順です。詳しくはこちら→
23.05.10 藤原さんが「生命現象を再現する数理モデル」のページを開設しました。
23.04.30 大阪大学のいちょう祭に出展しました。
23.04.01 根岸錬さんが大学院生として当研究室に加わりました。
23.03.23 秋山さんが基礎生物学研究所-プリンストン大学合同ミーティング(@プリンストン)で講演しました。
23.03.15 秋山さんがラボ日記を更新「データ解析と格闘
23.03.01 生命誌レクチャー「寄生蜂の宿主乗っ取り大作戦」の講師の島田裕子さんにインタビューしました。詳しくはこちら
23.03.01 小田さんがラボ日記を更新「志すきっかけは小学生のとき
23.02.15 生命誌 研究者セミナー「発生ゲノミクスで探る脊椎動物の進化過程」の報告&研究者インタビューを掲載しました。
23.02.15 藤原さんがラボ日記を更新「節足動物門の胚の形状変化の多様性に迫る進化研究に挑戦
23.01.20 生命誌 研究者レクチャー「発生ゲノミクスで探る脊椎動物の進化過程」開催しました。
22.11.30 秋山さんが分子生物学会 ピペットマン50周年記念フォーラム『シングルセル解析の最前線』で講演しました。「オオヒメグモ胚のシングルセル解析 パターンの再構成が意味すること」
22.11.15 秋山さんがラボ日記を更新「日仏発生生物学会に参加して
22.11.09 秋山さんが日仏合同発生生物学会(ストラスブール、フランス)で口頭発表しました。
22.11.01 小田さんがラボ日記を更新「モデル生物と非モデル生物の境目
22.10.18 藤原さんがラボ日記を更新「クモの胚発生を模倣できる数理モデルの論文が出ました
22.10.06  岩崎さんと南條さんの論文がBMC Biologyに掲載されました。詳しくはこちら
22.10.01 丹羽将之さん(大学院D1)が小田ラボに加入しました
22.09.22「気軽に研究室訪問。研究の現場から動物の進化を考えよう!」を10月から再開いたします。詳しくはこちら
22.09.10 小田さんが日本動物学会(早稲田)で研究発表。
22.08.12 藤原さんの論文がFrontiers in Cell and Developmental Biologyに掲載されました。"Virtural spherical-shaped multicellular platform for simulating the morphogenetic processes of spider-like body axis formaiton."
22.08.02 秋山さんがラボ日記を更新「シングルセル解析
22.07.22 秋山さんの論文がFrontiers in Cell and Developmental Biologyに掲載されました。"Reconstruction of the global polarity of an early spider embryo by single-celland single-nucleus transcriptome analysis."
22.07.15 小田さんがラボ日記を更新「宇宙の起源、太陽系の起源、生命の起源
22.07.01 藤原さんがラボ日記を更新「久しぶりにオンサイトでの学会に参加しました
22.06.18 本研究室主催の生命誌レクチャー開催「皮膚のはたらきはどのように進化したのか?」松井毅先生(東京工科大)開催記録はこちら
22.06.01-03 藤原さん、赤岩さん、小田さんそれぞれが日本発生生物学会(金沢)で研究発表。
22.04.01 秋山さんがラボ日記を更新「津田梅子について
22.03.15 小田さんがラボ日記を更新「"気軽に研究室訪問" 始めます(イベント予告)
22.01.18 過去のラボ在籍者の活動を紹介するページを立ち上げました。岩崎佐和博士の活動を紹介しています。
21.10.01 秋山さんがラボ日記を更新「Pエレメント
21.10.21 小田さんがオンラインセミナーVirtual Gastrulation Zoom Talks (VGZT)に招待され、講演しました。「Axis formation in spider embryos: Regulative development under the microscope」
21.10.15 小田さんがラボ日記を更新「機能選別実験がもたらすブレークスルー
21.10.01 藤原さんがラボ日記を更新「クモの研究を始めて1年半
21.09.30 オオヒメグモゲノムのデータベースに最新ゲノムアセンブリ(Ptep3.0)を搭載しました。
21.09.01 第92回日本動物学会米子大会の「動物学ひろば」にオンライン出展しました。
21.07.29 小田ラボに在籍した西口茂孝さん個人のインタビュー記事がJournal of Cell Scienceに論文とともに掲載されました(こちら)。
21.07.20 Lecture slides used by Hiroki Oda in ISP2021 Osaka Univ are available from this link.
21.06.22 カドヘリンの細胞外領域を原子間力顕微鏡で可視化した西口氏との論文が出ました(こちら)。
21.06.15 秋山さんがラボ日記を更新「近況報告
21.06.14 データベースに動画データを追加しました。こちらのページで「time-lapse movies」を選択。
21.06.01 小田さんがラボ日記を更新「今、クモが熱い
21.05.14 藤原さんがラボ日記を更新「変わったものを観察する
21.04.28 データベースサイトに様々なクモ種の配列を検索できるページを立ち上げました (こちら)。
21.03.26 赤岩さんが阪大院の博士後期中間報告会で発表。「オオヒメグモ胚での全遺伝子発現パターンの推定」
21.03.24 南條さん(阪大院)修士学位記授与式
21.02.20 オープンラボでラボの最新の活動を紹介。「細胞の多様な状態を一気に大量に解析する技術を取り入れました!
21.02.20 藤原さんのレクチャーの映像を掲載(昨年12月に開催)。
21.02.17 南條さん(阪大院)が修士論文研究を発表。「節足動物の発生におけるクロマチン動態の比較: オオヒメグモ初期胚のATACシーケンシングによる解析」
21.02.01 秋山さんがラボ日記を更新「パブリック・ジャーナル・クラブ
21.01.19 毎日新聞夕刊に記事掲載。「クモ見つめ、夫婦20年 生命の謎挑み、集大成の論文」
21.01.15 小田さんがラボ日記を更新。「はやぶさ2プロジェクト」から学ぶ基礎研究のひとつの形
20.12.28 毎日新聞デジタル版に「ハエで出会いクモに向き合う研究者夫婦が迫った動物の起源」と題して研究活動が紹介されました。
20.12.19 藤原さんが「数学や物理学の視点から見る生物の形作り」と題して研究員レクチャーを行いました。報告ページはこちら
20.12.15 藤原さんがラボ日記を更新。「Wetな生物」と「Dryな生物」を見比べる日々
20.12.13 朝日新聞 デジタル版に「トイレにいるクモを実験動物に 何がわかるのか」と題して当研究室のオオヒメグモが紹介されました。
20.12.7 朝日新聞 夕刊「ぶらっとラボ」に当研究室が取り上げられました。
20.11.12 毎日新聞 朝刊「科学の森」に「モデル生物、新規開拓に挑む 進化の謎に迫るため」と題して当研究室のオオヒメグモが取り上げられました。
20.11.07 小田さんと秋山さんがPublic Journal Club Developmental Biologyに招待され、海外の学生とオンラインで交流しました。
20.10.19 「生物の科学 遺伝」11月号にクモの特集が出ます。小田さんと秋山さんがそれぞれ和文総説を書いています。
20.10.17 オープンラボ企画映像を公開しました
20.09.15 秋山さんがラボ日記を更新。「論文が出ました
20.09.11 小田さんがオンラインで行われた国際シンポジウム「Protostome functional genetics ‐ Tribolium and friends」で発表しました。
20.09.10  秋山-小田康子さんの長年取り組んできた研究がScience Advances誌に出ました→こちら
20.09.01 小田さんがラボ日記を更新「環境の変化がもたらした気付き
20.08.17 藤原さんがラボ日記を更新「情報化社会による生物学のつながり
20.06.20 オープンラボ企画映像を公開しました
20.06.01 朝日新聞の本日朝刊の記事「科学の扉」に私たちのカドヘリンの研究が取り上げられました
20.05.16 研究員レクチャー、オンライン公開 「映像が語る、未知なるクモの世界」小田広樹
20.05.15 小田さんがラボ日記を更新「種としての存在を感じて
20.05.01 藤原さんがラボ日記を更新「コンピュータによる生物実験
20.04.15 秋山さんがラボ日記を更新「2020年春、夜は必ず明ける
20.04.07 Development Genes and Evolution誌にクモ特集号が出ました。小田ラボのレビュー論文も掲載。
20.04.01 藤原基洋さん(奨励研究員)、赤岩孝憲さん(大学院D1)が小田ラボに加入しました
20.03.30 研究者向けデータベースサイト内に実験手法の動画を3本アップしました
20.03.23 実験材料としてのオオヒメグモを紹介したミニレビューがEvoDevo誌に掲載されました。
20.01.16 昨年7月20日に開催の研究員レクチャー&ワークショップ「形づくりの最初の一歩〜クモの胚に魅せられて〜」の記録映像がアップされました。
20.01.03 データ論文がData in Briefに出ました。
19.12.23 研究室紹介のビデオをアップしました。
19.12.21 小田さんの研究員レクチャーがありました。「細胞をつなぐ分子構造の段階的スリム化」
19.12.16 小田さんがラボ日記を更新しました。「交接って何?
19.12.13 鈴木賢一博士(広島大、基生研)にお越し頂きました。セミナー開催。
19.12.04 秋山さん分子生物学会(福岡)に参加。ディスカッサーを担当。
19.11.17 秋山さんの研究員レクチャーがありました。「しましまのつくりかた
19.11.01 秋山さんがラボ日記を更新しました。「過ぎたるは•••
19.09.14   動物学ひろばに出展しました。
19.09.11 南條稜汰さんのM1中間発表会がありました。
19.08.31 岩﨑佐和さんが5年間の研究期間を終えて退館されました。
19.07.28 逸見なつきさん(元大学院生)がDevelopmental Biology誌の論文賞を受賞し、アメリカの発生生物学会(ボストン)で招待講演を行いました。 論文はこちら→ 論文の解説はこちら→ 講演の内容はこちら→
19.07.27 秋山-小田康子さんがアメリカの発生生物学会(ボストン)でポスター発表を行いました。
19.05.16 秋山-小田康子さんと岩﨑佐和さんがそれぞれ日本発生生物学会で口頭発表しました。
19.05.14   エリック・ヴィーシャウス博士とトルディ・シュプバッハ博士が来館され、クモ胚の観察を楽しまれました。
19.04.11 小田広樹さんがロンドンで開催された第4回SpiderWebミーティングで講演しました。
19.04.10 小田広樹さんがケンブリッジ大学の動物学教室で講演しました。
19.04.10   名古屋南高校生物・化学部との共同研究の成果が論文になりました! 論文はこちら→ 論文の解説はこちら→
19.04.01 南條稜汰さんが大学院生として当研究室に加わりました。
19.02.15 秋山-小田康子さんがニュージーランド、クライストチャーチで開催された国際クモ学会で招待講演を行いました。
18.06.08   国際シンポジウム「Metazoan Cell-cell Junctions」を開催しました。
12.06.13   秋山―小田康子特別研究員が日本動物学会の 「平成24年度成茂動物科学振興賞」を受賞しました。

 

研究内容

ハエとクモは私たちの生活に身近な節足動物です。これらの動物はどのような経緯で地球上に誕生することになったのでしょうか?時を遡ればハエとクモの共通祖先がいたはずです。さらに遡ればヒトとの共通祖先もいたでしょう。私たちの研究室は、現存の動物種の共通祖先を科学的に理解しようとする努力を通じて、動物の多様性が形づくられてきた仕組みを解明したいと考えています。

ハエとクモの共通祖先が存在していたのはきっと今から5~6億年以上前のことでしょう。想像を絶するほど長い時の流れがそこにはあります。それでも、変異を重ねながら受け継がれてきたゲノムの遺伝情報に手がかりがあるはずです。ゲノムにコードされている発生システムや細胞の構造や機能を調べ、動物種間で比較することによって、過去の状態をある程度推定することができると考えています。しかし、比較する対象があまりに違い過ぎると何と何を比較してよいのか客観的な判断ができません。例えば、ハエの“あし”とヒトの“あし”を比較してもよいのでしょうか。ハエとクモなら同じ節足動物、からだの全体的な形も似ていて、それでいて、5億年以上も前に系統が分岐しています。この比較がカンブリア紀の動物を理解するためのひとつの窓口を提供してくれるはずです。

教科書でよく知られているようにハエ(キイロショウジョウバエ)はモデル生物としてこれまで精力的に研究されてきました。それに対して、クモは研究に使われることはほとんどありませんでした。それでも私たちは、10年前にオオヒメグモの有用性に目をつけ、このクモ種を新しいモデル生物として開拓してきました。オオヒメグモは、遺伝子機能に基づいて比較学を展開できる貴重な動物です。これまでの私たちの研究では、クモの発生システムにはハエよりも脊椎動物に似ている部分があることが分かってきています。私たちは、ハエとクモの比較を足掛かりにして、多細胞動物の形態的多様性を生み出した普遍的な原理を探究したいと考えています。

琥珀の中のハエとクモ

 

[最新論文] 逸脱して進化してきた ”変わりもの” 遺伝子がクモの初期卵で大事な役割を論文一覧はこちら

節足動物の体づくりの最も初期の過程は種によって多様に異なっています。しかし、この節足動物の初期胚の多様性について、これまで昆虫以外では分子レベルの仕組みがほとんど何も分かっていませんでした。本研究では、遺伝子重複を経て祖先型遺伝子から逸脱して進化してきた、”変わりもの”と言えるような遺伝子が、オオヒメグモの初期胚で体づくりを決める重要な役割を果たしていることを明らかにしました。遺伝子の新たな進化とともに動物の体づくりの過程が多様化してきたことを示唆する研究成果です。詳しくはこちらをご覧ください。

[最新論文] 細胞の動きを模倣する数理モデルを構築し、コンピュータ上でクモ胚の形状変化を再現できました論文一覧はこちら

生物の発生や進化を研究する1つの方法として、数理モデルを用いる研究方法があります。本研究では、クモ胚の初期の体軸形成の細胞集団の動きを、コンピュータ上で模倣してクモ胚の初期の発生過程の再現を可能とする数理モデルを構築しました。この研究は、クモを含む節足動物の形態の進化をコンピュータ上で再現する試みの第一歩となる成果です。詳しくはこちらをご覧ください。

[最新論文] 卵の中の細胞をバラバラにしても、からだの軸がコンピュータで再現できてしまう不思議論文一覧はこちら

 本研究では、シングルセルRNAシーケンシングとシングル核RNAシーケンシングと呼ばれる先進技術を胚盤期のオオヒメグモ胚に対して初めて適用し、これらの技術がクモ胚の中に生じる遺伝子発現のパターンを高い精度で再構成できることを明らかにしました。詳しくはこちらをご覧ください。

[論文] 動物の細胞をつなぐ「古い分子」を可視化論文一覧はこちら

 DNカドヘリンとDEカドヘリン、を解析の対象としましたが、分子長が大きい前者は祖先型、分子長が小さい後者は派生型であることを私たちは以前の研究で示していました。つまり、節足動物の進化の過程で、長いカドヘリン分子から短いカドヘリン分子が誕生したことが想定されていることになります。派生型のカドヘリンについては2016年に原子間力顕微鏡での観察データを報告していたこともあり、今回の論文では、特に祖先型のカドヘリン(DNカドヘリン)にフォーカスして分子形態の解析を行いました。その結果、その長いカドヘリンが複数箇所で折れ曲がって様々な形状を取ること、そして、その形状がフレキシブルな折れ曲がりで変化することを明らかにすることができました。詳しくはこちらをご覧ください。

[論文] 多様な波の振る舞いがからだの繰り返し構造を形作る論文一覧はこちら

 ヘッジホッグシグナルと呼ばれる細胞間情報伝達システムの働きに注目し、オオヒメグモの卵を用いたゲノム規模の解析を行って、節足動物のからだの繰り返し構造(体節)の基となる空間的周期パターンを生む仕組みを解明しました。オオヒメグモでは、からだの頭部・胸部・後体部の3領域で遺伝子発現が示す周期パターンの現れ方に違いがあることが分かっていましたが、今回の研究では、既知の2種類の遺伝子発現の波に加えて第3の波の存在を示し、それらの波がからだの3領域に対応して空間的周期パターンへと転換することを明らかにしました。さらに、これら3つの波が示す異なる振る舞いすべてが、ヘッジホッグシグナルによって負の制御を受けるmsx1遺伝子を介して制御されていることを証明しました。写真はmsx1遺伝子の発現(マゼンタ色)が波のように振る舞って繰り返しパターンに変化する様子を捉えている。詳しくはこちらをご覧ください。

[総説論文] モデル生物としてのオオヒメグモを世界に紹介論文一覧はこちら

 進化発生学分野の実験材料としてのオオヒメグモ(Parasteatoda tepidariorum)を英語で紹介したミニレビューです。オオヒメグモは私たちの研究室が20年以上前に世界に先駆けて利用を開始した実験生物です。オオヒメグモがどのような特徴をもつ実験生物なのか、オオヒメグモを使ってどのようなテーマの研究ができるのか、そして、オオヒメグモでどのような実験技術が使えるのかを説明しています。詳しくはこちらをご覧ください。

クモ胚の重複胚形成誘導を再現

 クモ胚で重複胚形成を誘導する実験を再現し、その実験に関する研究の歴史と現状を概説した総説論文が国際学術雑誌「Development Genes and Evolution」に4月10日にオンライン公開されました。この論文で記載した再現実験の一部は名古屋南高校の生物•化学部との共同成果です。この論文は同雑誌で現在企画•編纂中のクモ特集号に集録される予定です。
 今回の総説論文は、スウェーデン、ウプサラ大学のオーケ•ホルム (Åke Holm)という人物が行った、クモ胚を使った発生生物学実験を世界の多くの人に知ってもらいたいと思い書きました。ホルムが1952年に発表した150ページに及ぶドイツ語の論文は、クサグモ胚を用いた様々な実験を記載しています。具体的には、細胞の追跡、胚の一部の除去や移植、胚領域の分断などです。ホルムはそれらの実験を自作の実験道具で巧みに行うことで、クモ胚の細胞が体を形作る際に如何に柔軟なコミュニケーションを行っているかを示すデータを得ました。特に、重複胚の形成を誘導する2種類の実験はクモ胚の細胞が持つ能力を示す学術的に重要な実験です。その実験のひとつは、クムルスと呼ばれる小さな領域を部分的に吸い取ってそれを体の反対側に移植する実験で、もうひとつは、胚の領域を大きく二つに分断して互いに180度異なる位置に回転させる実験です。体の左右対称性を規定する2つの軸のセットが、つまり、前後(または頭尾)の軸と背腹の軸のセットが、それらの実験操作によって分離して2セット現れるのです。前者の実験は、教科書で有名なシュペーマンとマンゴルドの両生類胚を使った原口上唇部(オルガナイザー領域)の移植実験と類似した実験です。後者に類似した実験もシュペーマンによって行われています。今回の私たちの総説論文は、脊椎動物と節足動物で記載された2つのタイプの胚操作によって起こる重複胚形成に焦点を当てています。
 脊椎動物の実験は非常に有名で多くの人に再現され、分子生物学的知見と統合されて、その仕組みの理解が進んできました。他方、クモの実験は誰にも追試されず、その現象の存在すら発生生物学分野で広く知られることはありませんでした。今回の論文では、ハエトリグモ胚を使ったクムルスの移植実験とオオヒメグモ胚を使ったレーザー照射実験でホルムが行った重複胚形成誘導実験を再現し、胚操作後に重複胚が現れてくる様子をビデオに収めることに成功しました(動画1動画2)。是非ご覧ください。節足動物の重複胚形成誘導の様子を捉えた世界で唯一の映像です。ハエトリグモを使った移植実験は名古屋南高校の生物•化学部の活動で最初に成功し、生命誌研究館で追試された実験です。

 今回の総説論文で示した重複胚誘導の再現実験は、脊椎動物とクモに2つの共通の概念が適用できることを意味しています。その概念とは、オルガナイザー(形成体、または司令塔)と自己調節、です。後者の概念は少し分かりにくいですが、魅力的な研究テーマとなります。与えられた領域において胚の細胞が互いにコミュニケーションし、全体として完全な形やパターンを作ろうとする性質や能力を有していることを指します。人為的に領域が分断されれば、それぞれの限られた領域の中で完全な形を作ろうと細胞は振る舞うということです。個々の細胞の視点に立てば、全体の様子を見ている訳ではないのになぜ全体と調和するための情報を得ることができるのか。この問題は発生生物学において基本的な問題ですが、未解決です。
 日本では、ホルムの研究の影響を受け、クモと同じ鋏角類に属するカブトガニの研究に歴史があります。カブトガニ胚を用いた胚操作で重複胚が得られています。誇り高き成果ですが世界的認知度が高いとは言えません。今回の総説論文ではそのようなカブトガニ研究の歴史にも触れています。
 節足動物の発生に関する知識の多くはショウジョウバエを起点として築かれてきました。しかし、私たちはクモやカブトガニなどの鋏角類にはまた別の世界があると感じています。今回私たちがモデル生物として開拓してきたオオヒメグモで自己調節能の存在を明らかにできたことで、今後節足動物の胚発生の研究が多角的に進んで行くことを期待しています。

Hiroki Oda, Sawa Iwasaki-Yokozawa, Toshiya Usui, and Yasuko Akiyama-Oda
Experimental duplication of bilaterian body axes in spider embryos: Holm’s organizer and self-regulation of embryonic fields
Development Genes and Evolution, 2019年4月10日オンライン公開(オープンアクセス)
DOI:10.1007/s00427-019-00631-x

※論文はこちらでご覧いただけます。

■動画1

ハエトリグモ胚を用いた重複胚形成誘導実験:クムルスの移植

詳しくは論文をご覧ください。

 

■動画2

オオヒメグモ胚を用いた重複胚形成誘導実験:レーザー照射による胚領域の分断

詳しくは論文をご覧ください。

節足動物の縞パターン形成を定量化

オオヒメグモの体節形成に関わる縞パターン形成を定量的に解析し、一続きの細胞シート内で起こる3つの異なる縞パターン形成プロセスを記載した論文が、国際学術雑誌「Developmental Biology」に掲載されることとなり、3月16日にオンラインで先行公開されました(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012160617309089)。
 節足動物の共通の形態的特徴として、体の軸に沿って繰り返し構造を持つことが挙げられます。この特徴を形作るプロセス(過程)は種によって、また、体の部域によって様々であることが昆虫やクモを含む、いくつかの節足動物種の実験研究から示唆されてきました。一方、理論研究では、知識が豊富な双翅目昆虫(ショウジョウバエ)を基本モデルとして、縞パターン形成原理の探究がなされてきました。しかし、多くの昆虫種が多核性胞胚(細胞質を共有する多核の胚)を経て縞パターン形成を開始するため、純粋な細胞環境(それぞれの核が細胞膜で隔離され、別々の細胞質を持つ環境)における縞パターン形成原理の探究は節足動物ではほとんど進めることができていません。そのため、節足動物に見られる多様な縞パターン形成プロセスがどのようなメカニズムに起源しているのか、私たちの理解は全く十分とは言えない状況にあります。細胞環境を胚発生の早くに確立するオオヒメグモは、そのような困難な状況を打開しうる有力なモデル生物です。
 今回私たちはオオヒメグモ胚の一続きの細胞シート内で起こる縞パターン形成を、細胞追跡データと遺伝子発現の定量データに基づいて解析し、体の部域によって異なる3種類の縞パターン形成プロセスを記載しました。具体的には、頭部における縞パターンの反復分裂、胸部における同調的分割、後体部における振動による周期的縞パターン生成です。細胞シートの両端領域(頭部と後体部)で、対照的なパターンの動態(「分裂」対「振動」)が生じていることを示したことが今回の記載の注目ポイントです。
 今回の定量解析のひとつの特徴は、異なるパターン形成プロセスを共通の時空間的枠組みで記載したことです。細胞シートの形状計測に基づいて体の軸の伸長具合を調べました。どの程度のスピードで細胞シート全体が変形し、その変形にそれぞれの部域がどれだけの比率で貢献しているのかを具体的な数値で示すことができました。頭部の縞パターンの分裂の反復にかかる時間や、後体部の発現振動の周期も概算することができ、どちらも約5時間であることが分かりました。これらの定量データは、今後理論的な研究を展開して行く上で重要な基礎データとなります。
 今回の論文には、オオヒメグモ胚における細胞の挙動と遺伝子発現パターンの変化を示すために多数の動画が集録されています。教科書で広く知られているショウジョウバエ胚とは大きく異なるパターン形成が、オオヒメグモ胚の中で繰り広げられていることを直感的に理解できるように構成されています。形態形成の場を構成する独立した細胞が互いの位置関係を変えながら如何に反復縞パターンを作り上げるのか、現在そのメカニズムの解明に取り組んでいます。

Natsuki Hemmi, Yasuko Akiyama-Oda, Koichi Fujimoto, and Hiroki Oda(2018)
A quantitative study of the diversity of stripe-forming processes in an arthropod cell-based field undergoing axis formation and growth
Developmental Biology, 437(2):84-104
DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.03.001

※論文はこちらでご覧いただけます。

雑誌の表紙に選ばれました!

※この論文が国際学術学会誌Developmental Biologyの論文賞に選ばれました

オオヒメグモのゲノムを国際協力で解読

 オオヒメグモ(Parasteatoda tepidariorum) のゲノム配列を解読した論文が、2017年7月31日にオンライン学術雑誌「BMC Biology」に掲載されました (https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-017-0399-x)。私たちの研究室が、今から約17年前に世界に先駆けて実験動物として利用をはじめ、技術的な開拓を進めてきたオオヒメグモが、世界の研究者に広がり、ゲノムプロジェクトが実現し、今回の論文発表に繋がりました。私たちBRHを含め、オックスフォード・ブルックス大学、ベイラー医科大学、ゲッチンゲン大学など世界の多数の研究機関の共同研究となっています。

 オオヒメグモゲノムの詳細な解析と、サソリを含めたその他の節足動物との比較解析から、4億5千年以上前に存在したクモとサソリの共通祖先でゲノム全体の遺伝子が倍加(重複)した可能性があることが分かってきました。脊椎動物の進化でもゲノム全体の重複が起こったと考えられていますが、今回の発見は、ゲノム重複の新たな事例を提供し、ゲノム重複が動物の進化にもたらした影響を、今後詳しく研究するのに役立ちます。

 今回の研究でオオヒメグモのゲノム及び転写産物の配列情報が整備され、オオヒメグモはますます利便性の高いモデル生物として世界の研究者に利用されることが期待されます。

Schwager, Sharma, Clarke, Leite, Wierschin, Pechmann, Akiyama-Oda, Esposito,Bechsgaard, Bilde, Buffry, Chao, Dinh, Doddapaneni, Dugan, Eibner, Extavour, Funch,Garb, Gonzalez, Gonzalez, Griffiths-Jones, Han, Hayashi, Hilbrant, Hughes, Janssen, Lee, Maeso, Murali, Muzny, da Fonseca, Paese, Qu, Ronshaugen, Schomburg,Schö, Stollewerk, Torres-Oliva, Turetzek, Vanthournout, Werren, Wolff, Worley,Bucher, Gibbs, Coddington, Oda, Stanke, Ayoub, Prpic, Flot, Posnien, Richards and McGregor(2017)

The house spider genome reveals an ancient whole-genome duplication during arachnid evolution
BMC Biology, Volume 15, Issue 62, 2017

※論文はこちらでご覧いただけます。

段階的短縮化で生まれた昆虫型カドヘリン

Mizuki Sasaki, Yasuko Akiyama-Oda, and Hiroki Oda(2017)
Evolutionary origin of type IV classical cadherins in arthropods
BMC Evolutionary Biology, Volume 17, Issue 142, June
DOI: 10.1186/s12862-017-0991-2
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-0991-2

昆虫型E-カドヘリンの進化起源をゲノム解析で探った論文が、2017年6月17日にオンライン学術雑誌「BMC Evolutionary Biology」に掲載されました

※詳しくはこちらでご覧いただけます。

※関連データベース:http://www.brh2.jp/

脊椎動物と昆虫で異なる細胞間接着の構造基盤

Shigetaka Nishiguchi, Akira Yagi, Nobuaki Sakai, Hiroki Oda(2016)
Divergence of structural strategies for homophilic E-cadherin binding among bilaterians
http://jcs.biologists.org/content/129/17/3309

ハエとクモ、ヒトの祖先を知ろうラボの細胞間接着分子(E-カドヘリン)論文が科学雑誌「Journal of Cell Science」に掲載されました!
詳しくはこちらをご覧ください。

 

 

「動物学ひろば」に出展しました 

日本動物学会第90回大阪大会2019の最終日(9月14日)に開催された「動物学ひろば」に出展しました。「オオヒメグモ 〜日本発、世界に広がるモデル生物〜」と題し、ポスターと生きものの実物を展示して、オオヒメグモの学術的魅力と有用性を紹介しました。全国から学会に参加された動物学研究者、高校生、教育関係者の方々に加え、一般の方にもたくさん私たちのブースにお越し頂きました。

 

小田ラボの論文が国際学術学会誌 Developmental Biologyの論文賞に選ばれました 

アメリカの発生生物学会学会誌Developmental Biologyに2018年に掲載された293編の原著論文の中から、小田ラボの論文が論文賞(DB Outstanding Paper Award 2018)に選ばれました。論文の質やインパクトなどが評価されての受賞です。この論文賞は若手研究者の支援を目的としており、第一著者の逸見なつきさん(大阪大学大学院理学研究科、生物科学専攻、2014年修士号取得)が受賞します。逸見さんはこの7月にボストンで開かれるアメリカ発生生物学会年会に招待されています。受賞論文の研究は逸見さんの「グラフが描きたいです」という意思表明からスタートしました。

※論文はこちらでご覧いただけます。

受賞に関する詳細は雑誌サイトでご覧頂けます。

■受賞&学会参加報告

2019年7月26日〜29日にボストンで開催されたアメリカ発生生物学会第78回年会(Society for Developmental Biology 78th Annual Meeting)に逸見なつきさん(元大学院生、大阪大学大学院理学研究科生物科学専攻)が招待され、論文賞(DB Outstanding Paper Award 2018を受賞した研究に関して発表しました(発表内容はこちら)。300人規模の会場は立ち見が出るほどの盛況で、オオヒメグモの写真や動画が現れるたびに聴衆が心動かされている様子が伝わってきました。仕事をしながらの準備は本当に大変だったと思いますが、英語での発表を立派にやり遂げました。最終日の懇親会では授賞式があり、「おめでとう」「動画がすごかった」など、声をかけていただきました。秋山-小田康子も学会でポスター発表をしました。クモの研究を初めて見る人が大多数でしたが、20時から23時までの発表時間をフルに使って説明し、多くの人に興味をもって聞いていただくことができました。また、そんなに夜遅くでも、会場は大きな声でディスカッションする人々であふれており、アメリカのパワーを感じた夜でした。(秋山)

 

エリック・ヴィーシャウス博士とトルディ・シュプバッハ博士がBRHを訪問されました(2019年5月14日)

キイロショウジョウバエの遺伝学を用いた発生研究のパイオニアであるエリック・ヴィーシャウス博士(プリンストン大学教授、1995年のノーベル賞受賞者)、トルディ・シュプバッハ博士(プリンストン大学教授)ご夫妻が、大阪で開催された日本発生生物学会年会のご出席に先立ち、生命誌研究館をご訪問くださいました。詳しくはこちら

 

名古屋南高校生物・化学部との共同研究の成果が論文になりました! 

10年近くにわたり交流を続けてきた、高校のクラブ活動との協働の成果です。半世紀の間、再現実験が行われていなかったクモの発生生物学実験に高校生が成功しました。

詳しくはこちら

 

名古屋南高校生物•化学部との共同研究の成果が論文になりました!

 

 

シンポジウム開催報告

第51回日本発生生物学会・第70回日本細胞生物学会合同大会(Join Annual Meeting of JSDB 51st and JSCB 70th) において、小田広樹研究員が生理学研究所の泉裕士博士とともに座長をつとめ、「Metazoan Cell-cell Junctions: Molecules, Structures, Mechanics and Evolution」と題して国際シンポジウムを開催しました(2018年6月8日、東京、タワーホール船堀)。細胞・発生•進化研究室の主要な研究テーマである細胞間ジャンクションの進化に関連して、国内外から世界の第一線で活躍する研究者を招待し、最新知見、技術動向、将来展望について講演していただきました。ジャンクション研究の魅力とその学術的意義を共有することができました。

https://confit.atlas.jp/guide/event/jscbjsdb2018/session/S06/category

演者全員の集合写真

受賞報告

秋山―小田康子特別研究員が日本動物学会の
「平成24年度成茂動物科学振興賞」を受賞しました。
受賞理由はこちらでご覧いただけます(動物学会HP

 

 

ラボ制作の動画

■動画1

オオヒメグモの紹介
1.飼育の仕方(英語字幕)

■動画2

オオヒメグモの紹介
2.卵の産ませ方(英語字幕)

 

 

オオヒメグモのデータベース

Pt_spiderBASE (日本産オオヒメグモのデータベース)
Pt_spider Genome & Transcripts Data BASE (ドイツ産オオヒメグモのゲノムデータベース)

 

 

 

これまでの学位取得者とそのテーマ

・令和2年度 修士論文 南條稜汰
「節足動物の発生におけるクロマチン動態の比較:オオヒメグモ初期胚の ATAC シーケンシングによる解析」
 
・令和2年度 修士論文 宮下 怜
「解毒関連遺伝子に着目した狭食性鱗翅目昆虫における食草転換機構の分子生物学的解析」
 
・平成30年度 博士論文 西口茂孝
「液中原子間力顕微鏡を用いた無脊椎動物のクラシカルカドヘリンの構造進化の解析」
 
・平成25年度 修士論文 逸見なつき
「クモ胚における縞パターン形成の定量的な解析」
 
・平成24年度 修士論文 西口茂孝
「昆虫型カドヘリンにおける接着特異性決定メカニズムの解析」
 
・平成22年度 博士論文 金山真紀
「顕微注入法を用いたクモ胚の頭部体節形成機構の解析」
 
・平成21年度 博士論文 春田知洋
「DE-cadherin細胞外領域の構造と機能が果たす形態形成過程における役割」
 
・平成19年度 修士論文 金山真紀
「オオヒメグモの胚盤周縁部領域に着目した節足動物門における前方部形成機構の解析」
 
・平成18年度 修士論文 春田知洋
「DE-cadherin細胞外領域のドメイン構成の機能的意義の解析」
 

このラボから生まれた季刊「生命誌」

 

季刊「生命誌」100号
リサーチ:生命誌研究のこれまでと今

研究者は日々、何を見て、何に驚き、何を想うのか。論文には書かれない、今まさに動いている研究の日常を語りました。

季刊「生命誌」83号
フロム BRH:生きもの愛づる人びとの物語り3

研究と表現の両輪による活動を続けて20年、明確なまとまりが見えてきました。これをどのように生かし、どう展開するか。次の10年に向けて考えています。

季刊「生命誌」65号
リサーチ:「細胞のダイナミズムが生み出す左右相称の形」

オオヒメグモの初期胚で、ある遺伝子をはたらかなくしたところ背腹軸の向きを決めるクムルスが動かず尾の領域が形成されませんでした。頭尾軸、背腹軸を決めるしくみとクムルスの動きとの関わりを探ります。

季刊「生命誌」61号
クロス:「体節形成の多様さを探る二つの視点」

節足動物の多様性の基本は「体節」というくり返し構造です。遺伝子ネットワークの違いから生み出される体節形成の多様化の道筋を、数理生物学と実験生物学の共同で探ります。

季刊「生命誌」57号
from BRH:「生物の多様化を卵から見る」

クモは、ハエと同じ節足動物でありながら、卵は球体で始めは1つの放射相称軸しか見えず、脊索動物と似た体づくりをします。節足動物と脊索動物という2つの進化の道筋を、クモがつなげてくれることを期待しています。

季刊「生命誌」50号
リサーチ:「脊椎動物の脊索はクモのどこ?」

丸い卵に頭と足が生えたようなオオヒメグモの赤ちゃん。8本の足がきちんと体の両側にできるためには、丸い卵の左右を分ける中心軸が必要です。

季刊「生命誌」47号
リサーチ:「形づくりを支える分子の形の変化」

約10億年前に単細胞生物から多細胞生物が現れた時に生まれた細胞と細胞がくっつくしくみが細胞接着です。さまざまな動物がもつ接着分子の形の変化から進化を考えます。

季刊「生命誌」42号
リサーチ:「なぜ今、クモなのか?胚発生が描く進化の道すじ」

動物の多様性が形づくられてきた仕組みを理解するために私たちが選んだのがモデル生物であるハエ、そしてクモです。節足動物の共通祖先から何が保持され何が変わったのか?その糸口が見えてきました。

季刊「生命誌」39号
「飼育・採集日記」

私たちは、節足動物内での進化を調べる一つの材料にムカデを選びました。自然の生物を扱う研究は材料の入手から大変…。高槻周辺でのムカデの採集日記です。