せっかく大きく育った幼虫がいなくなってしまい、ご心配されるお気持ち、お察しいたします。

結論から申し上げますと、病気では無いと思いますのでご安心ください。
断言はできませんが、幼虫たちはレモンの木から旅立ち、安全な場所を見つけて無事に蛹になっているだろうと考えられます。レモンの木から少し離れた壁や、物陰、軒下などを探してみると、ひっそりと隠れているような蛹が見つかるかもしれません。

異変がみられないのであれば、それは蛹になるための正常な行動である可能性が高いです。幼虫が蛹になる前の不思議な行動についてご説明いたします。

【水様便は正常なサイン】
幼虫が蛹になる直前に下痢状の糞（水様便）をするのは、蛹になるための準備ができたサインです。幼虫は脱皮して蛹になるため、体内の食物残渣を全て排出する必要があるため、下痢状の糞をします。

【約8メートル歩き回ります】
おなかを空っぽにした幼虫は、蛹になる前に平均8メートルほど歩き回ると言われています。なぜこれほど歩き回るのかは未解明ですが、長距離の移動を行うため、餌を食べていた場所（レモンの木）とは別のところで蛹になることが多いのです。